Integrated Genome Browser

Programvare gjennomgang

Integrert Genome Browser (IGB) er et åpen kildeprogram som brukes til å vise og utforske store genomiske datasett. Du kan vise ulike dataformater, samhandle med dataene dine, lage grafer, lagre informasjonen din som bilder og dele data med samarbeidspartnere.

IGB lar deg vise data fra merknader og justerte sekvenser. Programmet støtter en rekke formater som FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband og GenBank. Du kan ta data og omforme det til en rekke grafformer, inkludert feilparametre for å markere dataforskjeller og dybdediagrammer for å vise dekning. Du kan også samhandle med dataene dine gjennom IGBs zoomings- og panorering animasjoner.

IGB lar deg få tilgang til og laste genene fra QuickLoad-nettsteder, som er enkle systemer for kataloger, sekvenser og andre datafiler for visualiseringsformål. IGB gir avansert funksjonalitet med plugin-støtte for å legge til funksjonalitet og arbeidsflytautomatisering ved hjelp av skript. IGB gir deg også avanserte funksjoner for å dele dataene dine, enten det publiseres som et høyverdig JPEG, PNG eller SVG-bilde eller lagrer data i Dropbox for å gi medarbeiderne tilgang til prosjektet.

IGB er primært brukt av universitetsforskere, biologer og bioinformatikere. Det gir avanserte verktøy for å åpne en rekke genoom dataformater, visualisere data som forskjellige grafer, og dele data med samarbeidspartnere. Dessverre er programmet avhengig av tilskudd for fortsatt utvikling, noe som betyr at støtte til søknaden kan opphøre når som helst. Imidlertid er Integrated Genome Browser fortsatt et egnet, tilpassbart program for brukere som ønsker å utforske og analysere sine genomdata.

Oppdatert: 29. juni 2016

▶ Andre filutvidelser brukt Integrated Genome Browser 9