Geïntegreerde genoombrowser

Softwarebeoordeling

Integrated Genome Browser (IGB) is een open source-programma dat wordt gebruikt om grote genomische datasets weer te geven en te verkennen. U kunt verschillende gegevensformaten weergeven, interactief werken met uw gegevens, grafieken maken, uw informatie opslaan als afbeeldingen en gegevens delen met medewerkers.

Met IGB kunt u gegevens uit annotaties en aangepaste reeksen weergeven. Het programma ondersteunt een aantal formaten zoals FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband en GenBank. U kunt gegevens omzetten in verschillende grafiekvormen, waaronder foutbalken om gegevensverschillen te benadrukken en dieptegrafieken om de dekking weer te geven. U kunt ook met uw gegevens communiceren via de zoom- en panning-animaties van IGB.

Met IGB kunt u de genen van QuickLoad-sites openen en laden. Dit zijn eenvoudige systemen om gegevensbestanden te catalogiseren, te sequencen en te laden voor visualisatiedoeleinden. IGB biedt geavanceerde functionaliteit met ondersteuning voor plug-ins om functionaliteit en workflowautomatisering toe te voegen met behulp van scripts. IGB biedt u ook geavanceerde functies om uw gegevens te delen, of het nu gaat om het publiceren als hoogwaardige JPEG-, PNG- of SVG-afbeelding of om gegevens op te slaan in Dropbox om uw collega's toegang te geven tot het project.

IGB wordt voornamelijk gebruikt door universitaire onderzoekers, biologen en bio-informatici. Het biedt geavanceerde tools om verschillende genoomgegevensformaten te openen, gegevens in de vorm van verschillende grafieken te visualiseren en gegevens te delen met medewerkers. Helaas is het programma voor verdere ontwikkeling afhankelijk van subsidies, waardoor de ondersteuning van de applicatie op elk moment kan eindigen. De Integrated Genome Browser blijft echter een geschikt, aanpasbaar programma voor gebruikers die hun genoomgegevens willen verkennen en analyseren.

Bijgewerkt: 29 juni 2016

▶ Andere gebruikte bestandsextensies Integrated Genome Browser 9